Seri Clannad asli menampilkan siswa nakal Tomoyo, dan siswi Nagisa yang sakit-sakitan. Nagisa ditahan setahun karena penyakitnya. Seri pertama berakhir dengan Tomoyo dan Nagisa yang erat menjalin hubungan.
Di After Story, Tomoyo lulus. Tapi Nagisa sakit lagi. Dia akhirnya lulus, dan keduanya menikah. Nagisa hamil, dan kemudian...
Dalam episode akhir, Tomoyo dan Nagisa memulai sebuah keluarga. Tapi cerita masih menguras air mata.***